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¿Dónde localizar los DOI? 25 marzo 2010

Posted by David Saldaña in Bases de datos, Bibliografía e información.
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Igual vuestra primera pregunta no es esa, sino ¿qué es el DOI? Bueno, es el Digital Object Identifier. ¿Aún ni idea? OK, es un número que se emplea para identificar de modo inequívoco una publicación científica. Muchos habréis comenzado a verlo al final de las citas en algunos formatos. Por ejemplo, en el caso de la APA 6ª Edición se indica la necesidad de incluirlo al final de la referencia, de este modo:

Saldaña, D. & Fritu, U. (2007) Do readers with autism make bridging inferences from world knowedge? Journal of Experimental Child Psychology, 96, 310-319. doi:10.1016/j.jecp.2006.11.002

Es posible que ya tengáis algunas referencias ya en una bibliografía, pero no contáis con el DOI. La mayoría de las bases de datos lo incluyen. Es el caso de Pubmed, por ejemplo. Ahora bien, existe una base de datos bastante fiable y es la que os traigo hoy aquí: Crossref. Aquí tenéis el menú principal: no hay más que meter el nombre del titulo de vuestro artículo (o las primeras palabras) y el nombre del autor. Os proporcionará automáticamente el doi, y listo.
Si lo que necesitáis es el nombre de un artículo a partir del DOI, lo mejor es ir directamente a la página del sistema DOI, que tiene en su página principal un buscador para resolver el nombre que buscáis. También Crossref tiene un buscador a partir de DOI aquí.

Mendeley: otro programa para las referencias bibliográficas 20 enero 2010

Posted by David Saldaña in Bases de datos, Bibliografía e información, Software.
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Os traigo hoy un programa más para la gestión de referencias bibliográficas: Mendeley En estos momentos quizá sea solo para los más atrevidos y curiosos. Está en versión Beta, como véis por el título, pero tiene algunas ventajas interesantes y conviene estar atento a él. Se anuncia como el iTunes de las referencias bibliográficas. Para los que ya manejáis este programa, os digo que tiene algunas de sus mismas ventajas e inconvenientes.
La idea básica es que gestione de forma más o menos automática en una biblioteca centralizada todas las copias de vuestros artículos. Justamente como el iTunes: rastrea el directorio que le indiquéis, mira los pdf y los etiqueta y ficha. Yo lo probé en un ordenador viejo que tenía por casa y, aunque con algún fallito, me pareció bastante espectacular. Puedes también introducir referencias manualmente o dejando “caer” el pdf sobre la ventana del Mendeley. Ahora bien, lo que frenó mi entusiasmo un tanto fue ver que tiene otros parecidos menos agradables con el mencionado programa de Apple: parece apoderarse más o menos de tu directorio de artículos, renombra los ficheros si te descuidas y no siempre toma las decisiones que a ti te gustaría.


Otra pega importante es que no se trata de software de código abierto, aunque hoy por hoy es gratuito. Por tanto, antes de pasaros a él, yo recomendaría ver qué tal funciona y qué modelo de negocio van a emplear (vamos, que si van a cobrar por el programa más adelante). Por lo demás, las cositas que hace son interesantes: permite escribir anotaciones diversas en los pdf de los artículos, genera referencias, permite la sincronización con el Zotero y otros programas al uso, y facilita la creación de bibliografías colectivas. En fin, precioso: para ser admirado enormemente… y empleado aún con precaución.

Encriptar ficheros con TrueCrypt o Toucan 24 agosto 2009

Posted by David Saldaña in Bases de datos, Software.
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La alarma creada hace unos días por la difusión de la identidad del donante en una operación de transplante de cara en España me ha hecho recordar el compromiso que tenemos los investigadores con la custodia de nuestros ficheros de datos. Ciertamente, la mayoría de nosotros no estamos implicados en estudios en los que se guarden grandes secretos. Pero hasta las informaciones más elementales que tenemos son de carácter confidencial: las que se refieren a la discapacidad o necesidades de un individuo, su diagnóstico, domicilio o teléfono, necesitan ser adecuadamente custionadas, según la Ley de Protección de Datos (aquí tenéis una buena explicación de dicha ley, cortesía del Colegio de Psicólogos de la Comunidad Valenciana). Ya sé, todos seguís la elemental recomendación de tener un fichero con un código y los nombres de los participantes y otra base de datos, diferente, en la que está el resto de la información y dicho código. Bien. Y el que tiene los nombres es un ficherito excel bien guardadito con su clave.
Eso hacía yo también. Hasta que, mirando páginas como ésta, me di cuenta de que no hace falta ser Lisbeth Salander para abrir esos ficheritos sin más. Total, que para los paranoicos como yo, que no queremos acabar como este ministro británico que se dejó en un tren datos militares, os incluyo a continuación un par de utilidades que os dan niveles de protección algo mejores.
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TrueCrypt
TrueCrypt es un software gratuito y de código abierto que permite encriptar conjuntos completos de ficheros o incluso un disco duro completo. Tiene hasta la posibilidad de ocultar la parte del disco que está encriptada para negar siquiera que exista (ya sabes, por si te obligan a confesar el código… aunque hasta a mí este escenario me resulta un poco exagerado). La gente de Cryptópolis tiene una sección entera dedicada a este software, con unos tutoriales estupentos aquí.
Toucan
Toucan combina la capacidad de crear copias de seguridad y sincronizadas de ficheros y encriptarlos. Es también gratuito y tiene la gran ventaja de que se puede llevar en el pen. No lo recomiendo, sin embargo, para trabajar con muchos ficheros, porque en nuestra experiencia se vuelve muy lento.

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Índice de impacto con Google Scholar 7 junio 2009

Posted by David Saldaña in Bases de datos, Bibliografía e información, Comunicación de resultados, Publicación, Software.
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De todos es sabido que conocer los índices de impacto de revistas, autores y artículos es una de las aficiones (u obligaciones, según se mire) favoritas de los investigadores. Ese numerito que indica cómo está nuestro artículo o la revista en la que acabamos de publicar con relación a otros del área de conocimiento es algo que nos llena de satisfacción o deseperación, según el caso. La fuente principal de conocimiento sobre cuántas citas reciben las publicaciones son, sin duda, los Journal Citation Reports elaborados por la ISI.

Sin embargo, el principal problema es que el ISI no está accesible a todos ni recoge todos los trabajos. Hay por ahí un par de herramientas que proponen emplear una fuente más amplia y de acceso libre, a saber, Google. En concreto, la herramienta de Google para la búsqueda de recursos y publicaciones científicas, el Google Scholar o Académico. Aquí van:

Publish or Perish

Con este título tan apropiado (Publica o Muere), Anne-Wil Harzing una profesora de la Universidad de Melbourne,  ha diseñado un programita a partir de una búsqueda en Google Scholar te proporciona el número total de artículos, o el índices H. Te tienes que bajar el programa de su página a tu ordenador e instalarlo, en Windows o Linux.

Tras introducir el autor del que deseas calcular el impacto, por ejemplo, te aparece una lista de las publicaciones encontradas. Como a menudo el Scholar devuelve una cierta cantidad de trabajos que no se corresponden realmente con lo que buscabas, puedes eliminarlos del cálculo simplemente desmarcándolos en un recuadrito que aparece a la izquierda.

Según la propia autora, es una herramienta que puede ser útil para áreas de conocimiento donde los libros o las comunicaciones a congresos son una fuente importante de difusión. Este tipo de documentos no suelen quedar bien recogidos en el ISI. Sin embargo, en las ciencias naturales o exactas, que están bastante bien documentad

La principal limitación del PoP, sin embargo, es su incapacidad para excluir las autocitas. Además, he podido comprobar que a menudo una misma cita aparece duplicada, al encontrarse en dos páginas distintas de internet. Por estos motivos, es probable que los índices obtenidos supongan una cierta sobreestimación del impacto.

CIDS

El “Citation Impact Discerning Self-citations” está elaborado por el Laboratorio LASIGE, un equipo del departamento informático de la Universidad de Lisboa. Es un recurso web, que es un poco menos amigable que el Publish or Perish, pero que tiene la ventaja de eliminar las autocitas. Debes introducir los datos del autor que deseas encontrar en su página, y recibes un correo electrónico que te indica que tu análisis está listo (tarda unos minutos). Una ventaja añadida es que permite encontrar cuál es el artículo que cita a los papers del autor buscado, y no sólo el dato de las cifras de impacto. Aquí tienes un ejemplo de la salida que produce el programa.

En cualquier caso, con sus limitaciones, dos herramientas útiles que van un poco más allá a la hora de valorar hasta qué punto nuestros trabajos son leídos por alguien, y les parecen lo suficientemente interesantes para mencionarlos… que es al fin y al cabo para lo que trabajamos.

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Research blogging: recopilador de Blogs en español 30 mayo 2009

Posted by David Saldaña in Bases de datos, Bibliografía e información.
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Una fuente que ya hemos citado en ocasiones anteriores, el blog de GOLEM de Angel, nos trae la noticia de que Research Blogging, un agregador de blogs científicos, ha abierto una sección de blogs en castellano. Para más información sobre éste y otro lugar donde buscar blogs de investigadores, mirad su post.

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Más cambios en Zotero: Zotero 2.0 17 mayo 2009

Posted by David Saldaña in Bases de datos, Bibliografía e información, Firefox.
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Zotero, el programa para elaborar y generar bibliografías del que he hablado en una entrada anterior, vuelve a actualizarse. En este caso le han introducido tantos cambios que han decidido darle la versión 2.0 (íbamos por la 1.5). Hay varios cambios que justifican este salto, pero probablemente el más importante sea el hecho de pasar a ser un gestor bibliográfico “social”. Te puedes registrar con su sistema, y te permitirá tener bibliografías compartidas con tu grupo o con el público en general:

Además, todo tiene un saber claramente tipo web 2.0: si te inscribes en su foro, accedes a una especie de “facebook” de la bibliografía: puedes elaborar un perfil, hacerte seguidor de alguien o que te sigan, etc. Ya tienen algunos grupos creados.

Estos grupos, por el momento, están todos en inglés. Se pueden crear también grupos privados, lo que puede resultar muy útil para equipos que trabajan en un mismo proyecto.

Esta versión tienen algunos otros detallitos útiles:

  • Puede extraer referencias de documentos RTF.
  • Permite acceder a referencias proporcionando el DOI.
  • Como la versión 1.5, permite sincronizar la base de datos entre ordenadores.

Eso sí, cuidadito: el 2.0 es aún beta. Ya sabes, que puedes perderlo todo…

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Para estar al día, el RSS (y II) 5 abril 2009

Posted by David Saldaña in Bases de datos, Bibliografía e información, RSS.
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La semana pasada comenté lo interesante que podría ser el RSS para estar al día. Hoy quiero contaros un uso específico para la investigación. Hay bases de datos científicas permiten crear un RSS de la búsqueda de documentos que hayas realizado. No es demasiado complicado y tiene la ventaja de que te irán saliendo en tu agregador los últimos artículos o documentos publicados sobre tu tema. Os voy a explicar cómo se hace esto tomando como ejemplo un par de estas bases de datos que yo uso muy a menudo, PubMed (es el buscador público para MEDLINE), una base de datos sobre salud que incluye muchas revistas de Psicología, y ERIC, la base de datos educativa por excelencia. Tenéis una explicación más detallada de estas bases de datos aquí.

RSS en ERIC

Imaginad que queréis estar al día de lo que publica un tal “Saldaña”. Lo primero que tenéis que hacer es una búsqueda normal en ERIC, tomando como “autor” a este señor… bueno, a uno que se le parece, porque los lindos americanos no reconocen nuestra querida “ñ”.

Como en cualquier búsqueda normal, os proporcionará algunos resultados. Atentos, sin embargo, al símbolo del RSS en la esquinita.

Si pulsáis sobre él, os saldrá una opción para elegir vuestro agregador preferido.

El agregador os proporcionará una suscripción como la de cualquier otra fuente de noticias:

Si marcáis todos como leidos, la próxima vez que el susodicho publique algo, os saldrá como una nueva noticia. Lógicamente, esto vale para búsquedas mucho más interesantes, basadas por ejemplo en una palabra clave relacionada con vuestro tema de investigación o de tesis.

RSS en PubMed

Sacar un RSS de PubMed también es posible, aunque algo menos directo. Al igual que en ERIC, tenéis que hacer una búsqueda inicial (PubMed sí sabe lo que es una “ñ”), que os dará un listado de artículos. Una vez ahí, en la opción última de la derecha, tenéis que elegir “RSS feed”:

 Cuando hagáis esto, os producirá una salida como la siguiente:

Ahora, pulsado sobre “Create Feed”, y os saldrá la siguiente pantalla

Lo que sucede es que no os sale, como en ERIC, un feed automático. En el simbolo del XML hay un enlace al feed. Yo suelo pulsar sobre XML con el ratón derecho en Firefox, y elijo la opción de “copiar dirección del enlace”. Atención: esa es la dirección del feed. Luego te vas a tu agregador (el Google Reader, por ejemplo), y cuando le digas “añadir una suscripción” te pedirá una dirección. Ésta es la que debes copiar.

Imagino que otras bases de datos tienen opciones similares. Si las encontráis o conocéis, se agradecen comentarios para que los demás estemos al tanto.

Nota: el tal Saldaña no publica todo lo que veis en estas búsquedas, creo que hay algún impostor que firma con su nombre en revistas de temática de lo más variada.

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Para estar al día, el RSS (I) 29 marzo 2009

Posted by David Saldaña in Bases de datos, Firefox, Navegadores, RSS.
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Un sistema estupendo para estar al día es suscribirse a un RSS. Un RSS es un servicio que proporcionan muchas páginas web, y que nos informan de los cambios y actualizaciones que puedan producirse en ellas. El nombre se forma a partir de las siglas para Really Simple Syndication (en inglés, sindicación realmente simple). Páginas que tienen RSS son habitualmente los blogs (este mismo) o las páginas de muchos periódicos y revistas, entre otros.  Sabréis que una página tiene este servicio orque aparece el logo siguiente.

Para conocer los cambios y nuevas noticias se han producido en una página, necesitaréis “suscribiros” a ella a través de un software adecuado. Los programas que sirven para suscribirse a un RSS se denominan “agreadores” de noticias. Hay multitud de agregadores, pero una vez tengáis uno abierto o instalado en tu ordenador, suele ser suficiente picar sobre el símbolo de la RSS para suscribiros. La próxima vez que abráis el programa, os avisará si hay nuevo contenido en la página a la que os habéis suscrito, usualmente con un título de la nueva información. Así, además, podéis decidir si vale o no la pena ir a mirarla, o incluso leerla desde vuestro propio agregador sin necesidad de ir a la página. Para que os hagáis una idea, aquí tenéis la imagen de un agregador. A la izquierda aparecen las páginas o feeds los que está uno suscrito, y el la parte principal, a la derecha, la noticia en sí misma.

Hay multitud de agregadores, pero os presento aquí algunos de los más populares:

  • El Google Reader.Como no podía ser de otro modo, el gigante Google tiene una aplicación para leer noticias RSS. Tienes que entrar en tu cuenta google, y buscar la opción de “Reader”. Es un lector que “reside en la red”, es decir, que está en internet con vuestra cuenta de GMail. Esto a mi no me parece demasiado problema: al fin y al cabo vas a usar el lector cuando estás contectado a internet. La ventaja principal es que desde cualquier lugar puedes acceder a él, no tienes que estar siempre en tu ordenador.
  • Thunderbird, el programa de correo electrónico, también tiene la posibilidad de realizaar suscripciones Igual que cuando creas una cuenta de correo, abres una cuenta que llama “de noticias”. Junto a tus mensajes de e-mail aparecerán las novedades de tus páginas. La ventaja es que lo tienes todo junto.

  • Outlook 2007, para los que prefiráis el programita de Microsoft, también permite suscribirse igual que Thunderbird. Para una explicación sobre cómo hacerlo podéis picar aquí.
  • Sage es un complemento de Firefox que sirve expresamente para leer tus suscripciones. Los enlaces a las páginas se colocan como marcadores. Tiene la ventaja de que está totalmente integrado en el Firefox, y mientras navegas puedes suscribirte sin problemas a la página que quieras. Hay una versión más reciente llamada Sage-too.

  • Sabéis que no es mi favorito, pero si eres amante del Internet Explorer puedes utilizar la función que el programa incluye. Una explicación de cómo hacerlo la tienes aquí.
  • Finalmente, FeedDemon es un programa muy popular. Hay que instalarlo específicamente y funciona de modo independiente a los navegadores. Puedes abrirte una cuenta con ellos que permite sincronizar tus suscripciones entre distintos ordenadores.
Mi recomendación es partir de lo que ya uses: Google Reader si te mola GMail, Outlook si es tu opción, Thunderbird si usas ese programa ya. Cada uno tiene funcionalidades y aparriencias diferentes, cada uno con sus ventajas e inconvenientes. Hay algunos usos muy interesantes y concretos para los que nos dedicamos a la investigación, pero eso lo dejaré para la semana que viene.

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Un nuevo Zotero 22 marzo 2009

Posted by David Saldaña in Bases de datos, Firefox.
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Hace algunos días ya se lanzó la versión 1.5 de Zotero. Bien, diréis alguno, por lo pronto, ¿qué es eso del Zotero? Es un programa de gestión de referencias y documentos, gratuito y verdaderamente revolucionario, finaciado por las Fundaciones Andrew W. Mellon, la Alfred P. Sloan y los servicios bibliotecarios de la Universidad George Mason.
Muchos seguramente emplearéis el EndNote o quizás el RefWorks, o algunprograma similar. Bueno, si los proporciona vuestra institución, estupendo, pero una de las ventaja de Zotero es que está desarrollado para la comunidad investigadora de forma gratuita. Pero no es la única ventaja. Su filosofía de diseño está plenamente adaptada al empleo de los miles de recursos que internet ofrece para la búsqueda de información, y no sólo para bajarte referencias de bases de datos. Como quizá hayáis visto, lo tengo referenciado en la página permanente que tengo sobre gestores de referencias.Aunque la página principal y casi toda la documentación están en inglés, hay una guía de referencia rápida en castellano que podréis encontrar aquí.
Como muchas otros programas similares, te permite guardar, anotar, organizar y etiquetar tus citas y demás referencias. Te posibilita, además, generar de forma automática una lista de referencias (¡no más revisores diciéndote que tus citas no tienen el formato correcto o que te falta alguna!). Pero nada de eso es noticia, así que me centraré en las novedades que incluye la versión nueva:
  • Notas en formato RTF: Una de las que más había pedido la gente de los foros era que se pudieran escribir notas en formato RTF, es decir, que en las notas se pudieran incluir tipos diferentes de letra, cursivas, colores, estilos y encabezados y prácticamente todas las funciones básicas de un procesador de texto. Hasta el momento, las anotaciones que acompañan a las referencias sólo podían usa texto simple. A decir verdad, esto a mi personalmente no me parece demasiado interesante, pero quizá en algunos campos quizá resulte útil.
  • Han incorporado una pequeña papelera. Esto significa que ahora tienes un pequeño seguro: si borras algo, pasa a la papelera, que luego puedes vaciar.
  • La posibilidad de sincronizar tus bases de datos entre distintos ordenadores. Si trabajas en diferentes máquinas, a menudo puede resultarte útil tener la misma base de datos en todos ellos. En la versión anterior, esto se solucionaba poniendo tu base de datos en el pen, o bien instalar zotero en el FirefoxPortable. Ahora tu base de datos se sincroniza con el servidor de la gente de Zotero.
  • Lo que más me ha impactado en realidad es la posibilidad de crear una referencia automáticamente a partir de un pdf. Arrastras el pdf desde el escritorio o donde esté, hacia la columna central del zotero. Te crea un enlace, y picando con el ratón derecho sobre él, toma los datos del PDF y, “voilà”, aparece la referencia en tu base de datos. Cierto, depende de que el documento esté adecuadamente configurado, pero todo no puede ser.

Eso sí, atención: la 1.5 es una versión Beta. O sea, de prueba. Ya se encargan de avisarte que si vas a usar esta versión hagas copias frecuentes de seguridad de tu base de datos (imagino que más bien por lo de las demandas en los tribunales, que para eso son norteamericanos). Otra advertencia. El formato de las bases de datos de esta versión es diferente de las anteriores. La consecuencia inmediata es que cuando instalas el nuevo Zotero, te actualiza y transforma tu base anterior. En suma, que si estás justo acabando la tesis, mejor prueba el Zotero 1.5 con otro ordenador o con otras referencias menos importantes. O mejor aún, termina la tesis, y luego te pones a experimentar con juguetitos como éste…

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Compartir conocimientos… o quizá no 15 febrero 2009

Posted by David Saldaña in Bases de datos.
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Este post lo tengo que comenzar con una disculpa, porque en realidad voy a dar publicidad a un recurso para luego no recomendarlo y proponer otras alternativas. Espero que no os importe.
El caso es que en Internet, siguendo la estela de iniciativas importantes y ya consolidadas como Wikipedia, están proliferando una serie de proyectos para compartir información y hacer accesible la ciencia a quien quiera que esté interesado. Recientemente, me llegó la noticia a través de la Biblioteca de la Universidad de Sevilla del lanzamiento de SciTopics por parte de la editorial Elsevier. Me pareció inicialmente una idea excelente: se trata de que científicos e investigadores de todo el mundo elaboren y actualicen resúmenes sobre campos en los que son expertos, para beneficio de todo internauta.

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Me puse a mirar el proyecto con algo más de detenimiento. Tardé un rato, y finalmente me encontré con su página de términos y condiciones. Parece que lo que coloques ahí tiene el mismo estátus que cuando publicas en una revista: los derechos son de Elsevier.
Sinceramente, mi impresión es que la iniciativa se aleja un poco de la perspectiva de “compartir” y “dar y recibir” que debiera presidir los esfuerzos de la comunidad científica a la hora de dar a conocer sus hallazgos. No es el momento de extenderme en ello, pero creo que son más útiles los proyectos en los que se permita un uso más libre del material que generamos con dinero público, al uso de las propuestas de acceso abierto y las licencias de Creative Commons. En ambos casos, se trata de facilitar la utilización, manipulación, desarrollo y modificación del conocimiento entre los productores y usuarios del mismo. Mi impresión es que las propuestas tipo SciTopics no se acercan a esta idea, aunque aparentemente sirvan para “compartir” nuestra sabiduría. Por tanto, por el momento casi parece más útil contribuir a proyectos como el de Wikipedia, con licencias más abiertas y una perspectiva más basada en la comunidad, que en estos nuevos proyectos editoriales. Pero esto no es nuevo: en el año 2005 la revista Nature ya recomendó que los científicos ayudaran a expandir la “enciclopedia de libre”.

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